各國通過長期司法實踐，對計算機軟件的侵權判斷標準采用的主要方法有實質性相似加接觸分析法和抽象-過濾-比較分析法兩種等。
(一)實質性相似加接觸分析法
這種方法是在計算機軟件版權糾紛的處理中得到普通使用的一種軟件侵權認定方法。所謂的實質性相似主要是指兩項程序之間在形式和內容上存在著相似之處，且存在著實質性相似。
實質性相似加接觸分析法的應用，首先要求對原被告雙方的軟件進行分析，一般可按照先文字成份，后非文字成份的順序進行。如果兩個軟件相似，那么只要再認定被告接觸過原告軟件的行為成立，則侵權即可認定。即：表達相同(或實質相似)+接觸對方作品=侵犯版權
法院判斷兩項計算機程序是否構成“實質性相似”，一般具體從三個方面考察：
1、代碼相似，即判斷程序的源代碼和目標代碼是否相似;
2、深層邏輯設計相似，即判斷程序的結構、順序和組織是否相似;
3、程序的“外觀與感受”相似，即運行程序的方式與結果是否相似。
對于三個方面的判斷既可以各自獨立、分別作出判斷，又可以互相關聯，綜合判斷。在具體的司法鑒定過程中，判斷被告曾經接觸過原告的版權程序，一般可以從以下幾個方面著手：
1、證明被告確實曾經看到過，進而復制過原告的有著作權的軟件;
2、證明原告的軟件曾經公開發表過;
3、證明被告的軟件中包含有與原告軟件中相同錯誤，而這些錯誤的存在對程序的功能毫無幫助。
4、證明被告的程序中包含著與原告程序相同的特點、相同的風格和相同的技巧，而且這些相同之處是無法用偶然的巧合來解釋的。
(二)三步侵權判斷法(或稱抽象、過濾與比較法)
本判斷法是美國CAvsAltai案中，最終由美國聯邦第二巡回法庭確認的判定軟件侵權的最新規則。根據本規則，判斷被告軟件中的結構、順序及組織是否侵犯了原告軟件的著作權，應分三步有層次地認定，而不能不加分析地判定結構、順序和組織相似，就一定構成侵權。具體的操作方法是：
1、抽象分解成不同層次，從最高層次的功能設計，到部件、子部件，再到更小的模塊、子模塊，直到最具體的程序代碼;
2、對每一層次過濾出不受保護的成份;
3、在相同層次上進行相似性比較，特別重視較低層次的相似，然后進行綜合評價。三步侵權判斷法主要立足于計算機程序的開發過程，注重對軟件的動態保護，主要適用于大型的計算機軟件侵權案件的判定。
(三)我國司法界對軟件侵權鑒定的認定標準
我國司法界在認定計算機軟件是否侵權所采用的標準是按照創意/表達分離原則來進行一，計算機軟件的保護方式
計算機軟件的法律保護問題，是自本世紀五、六十年代隨著計算機軟件產業的發展而產生的。對于計算機軟件進行保護的法律保護形式很多，如著作權法、專利法、商標法、合同法、反不正當競爭法等等。根據軟件的自身的特點，軟件應用于不同的目的、表達的不同的形式，可以采用不同的法律保護形式。而不同的法律保護形式，又各有其特點。
1、《著作權法》保護。這種保護方式主要是根據著作權保護的基本原則，即創意/表達分離原則，來保護創意的表達。美國版權作品新技術應用全國委員會(CONTU)的最終報告認為：就現有法律而論，著作權法是保護軟件最為適宜的法律。在我國，著作權保護也是對軟件進行法律保護的主要途徑。但是，著作權法僅保護該軟件本身的表現形式，而不能擴大到開發軟件所用的思想、概念、方法、原理、算法、處理過程和運行方法等。
2、《專利法》保護。這種保護彌補了著作權法保護的一些不足，可以有效地保護計算機程序所體現的設計者的“創意”。但軟件本身不能單獨申請專利，而只能是從屬于某一個發明的組成部分。
